Citando la jurisprudencia de la Corte Constitucional, el Ministerio de Hacienda explicó la naturaleza, creación y régimen de los fondos especiales. Así, señaló que estos hacen parte del presupuesto de rentas y recursos de capital de presupuesto general de la Nación. Según el artículo 30 del Estatuto Orgánico de Presupuesto, puede ser de dos modalidades, los ingresos definidos en la ley para la prestación de un servicio público específico y aquellos pertenecientes a fondos sin personería jurídica creados por el legislador. Los fondos cuenta se refieren al sistema de manejo de recursos que no tiene personería jurídica, puede ser un patrimonio autónomo y, en general, se admite que se rijan por las reglas de contratación del derecho privado.