En una carta enviada al presidente del Congreso, Roy Barreras, el defensor del Pueblo, Jorge Armando Otálora, hizo varias advertencias en relación con el proyecto de acto legislativo de reforma a la justicia penal militar. El funcionario reiteró que a través de la Ley 1407 del 2010 (Código Penal Militar) y de acuerdo con la jurisprudencia de la Corte Constitucional, los delitos de tortura, genocidio, desaparición forzada, de lesa humanidad o aquellos que atenten contra el Derecho Internacional Humanitario no pueden considerarse como actos relacionados con el servicio. En relación con lo señalado en el artículo 1º del proyecto, donde se le otorga al tribunal de garantías una facultad no prevista en el sistema penal acusatorio (Ley 906 del 2004), como es controlar formal y materialmente la acusación, la Defensoría advirtió que tal prerrogativa le corresponde, desde el punto de vista de la lógica procesal acusatoria, a quien ejerce la función de juez de conocimiento, pues una vez presentado el escrito de acusación el juez de control de garantías tiene facultades restringidas.