La Corte Constitucional admitió una demanda de inconstitucionalidad en contra del parágrafo 1 del artículo 39 de la Ley 906 del 2004, según el cual en los casos que conozca la Corte Suprema de Justicia la función de juez de control de garantías será ejercida por un magistrado de la Sala Penal del Tribunal Superior de Bogotá.  

Según el demandante, al no determinar la disposición acusada a quién corresponde conocer del recurso de apelación frente a los autos que emita el magistrado de la Sala Penal del Tribunal Superior de Bogotá se incurre en violación al derecho fundamental a la igualdad, lo cual se hace más evidente al verificar que, de acuerdo con el procedimiento penal, la función de control de garantías corresponde por regla general a los jueces penales municipales. 

En el artículo 36 de la misma Ley 906 del 2004, el legislador otorgó competencia a los jueces penales de circuito para avocar conocimiento de los recursos de apelación que se interpongan contra los autos que emitan los jueces penales de carácter municipal, ya sea cuando ostentan función de conocimiento o cuando ejerzan función de control de garantías.  

No ocurre lo mismo tratándose de los casos en que es un magistrado de la Sala Penal del Tribunal Superior de Bogotá quien ejerce la función de control de garantías, pues no se otorgó competencia a algún juez, magistrado o cuerpo colegiado para conocer de los recursos de apelación interpuestos contra los autos emitidos, creando una situación de desigualdad negativa injustificada.  

De otra parte, agrega la demanda, se incurre en violación al derecho fundamental al debido proceso y, en ese contexto, al derecho a la defensa y a la doble instancia, pues al no establecer quién conocería del recurso de apelación cuando sea un magistrado del Tribunal Superior de Bogotá quién ejerce la función de control de garantías, se afectan directamente estos derechos.  

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