La Procuraduría General de la Nación, en carta enviada al Ministerio de Ambiente, le pidió al titular de la cartera que ejerza la facultad legal y asuma la competencia de control preventivo sobre el proyecto del túnel de oriente. Según el Ministerio Público, el artículo 5 de la Ley 99 de 1993 le permite a esta cartera ejercer discrecionalmente sobre proyectos que, aunque son asignados a las corporaciones autónomas regionales, puedan impactar gravemente el medio ambiente. En este caso, la Procuraduría señaló que existen serios reparos con relación al acto administrativo surtido en el 2002 por la Corporación Autónoma Regional de las Cuencas de los ríos Negro - Nare (Cornare), para autorizar la ejecución de la obra.