La Procuraduría General de la Nación pidió a la Corte Constitucional que declare inexequible el aparte del artículo 8º del Decreto 091 del 2007, que dispone que los cargos de magistrado, juez, fiscal y auditor de la Justicia Penal Militar son de libre nombramiento y remoción. Según el Ministerio Público, tal disposición vulnera el precedente constitucional, pues en la Sentencia C-368 de 1999 se explicó que a los jueces de instrucción y a los auditores de guerra se les debe aplicar la regla de pertenencia a la carrera judicial y no ser de libre nombramiento y remoción, situación que se hace extensible a los cargos de los que trata el aparte normativo demandado.