El Consejo de Estado indicó que la naturaleza de las funciones, las responsabilidades constitucional y legalmente atribuidas, así como las calidades exigidas para gobernadores y alcaldes justifica que se les reconozca una bonificación especial de dirección, en su condición de jefes de la administración seccional y local y representantes de los entes territoriales. Con estos argumentos, el alto tribunal negó la nulidad del Decreto 4353 del 2004, que establece esta bonificación. Según la corporación, esta norma no se enmarca dentro de la actuación administrativa reglada, sino que es un acto expedido en ejercicio de la competencia constitucional atribuida al Gobierno para establecer prestaciones especiales. La Sección Segunda explicó que no se vulneraba el derecho a la igualdad, porque no son equiparables los cargos de alcalde y gobernador con los demás cargos de la administración municipal y departamental (C.P. Gerardo Arenas Monsalve).