Imponer a determinadas entidades territoriales la obligación de asumir de manera directa y con cargo a su presupuesto el pago de las conciliaciones, condenas, indemnizaciones y cualquier otra forma de resolución de conflictos de las contralorías departamentales no lesiona el principio de autonomía territorial, moralidad y eficacia administrativa. Así lo señaló la Procuraduría General de la Nación al pedirle a la Corte Constitucional que declare exequible el artículo 3 de la Ley 1416 del 2010. Señala el Ministerio Público que de no permitirse que sean dichas entidades las que asuman el pago se afectaría de manera directa la competencia de los entes de control fiscal.