Debido a que el Fondo de Bienestar de la Contraloría General de la República es una entidad adscrita a la Contraloría y tiene una relación inescindible de subordinación y dependencia con la entidad, su vigilancia y control debe estar en cabeza del mismo organismo de control que vigila a la Contraloría, es decir, la Auditoría General de la Nación. Así lo señaló la Corte Constitucional al declarar inexequible el artículo 81 del Decreto 267 del 2000 que dejaba a cargo de dicho control y vigilancia del fondo a la misma Contraloría. Según la Sala, si la gestión fiscal de los recursos del fondo es de competencia directa de la Contraloría General, existe un impedimento para que sea el mismo organismo de control quien ejerza la vigilancia fiscal sobre estos recursos, pues se convierte en juez y parte (M. P. Luis Ernesto Vargas Silva).