El artículo 781 del Estatuto Tributario (E. T.) indica que la no presentación de los libros de contabilidad será indicio en contra del contribuyente y para que el indicio tenga ocurrencia, de acuerdo con la jurisprudencia de la Sección Cuarta del Consejo de Estado, se requiere que la Administración haya exigido la presentación de libros, comprobantes y demás documentos de contabilidad en relación con costos, deducciones, descuentos o pasivos que se estén investigando y que el contribuyente no los hubiera presentado. La consecuencia es el desconocimiento de los conceptos correspondientes. Sin embargo, la norma establece que no se desconocerán si el contribuyente los acredita plenamente.

Al decidir sobre la legalidad de una liquidación oficial expedida por la Subdirección de Determinación de Obligaciones de la UGPP, por omisión, mora e inexactitud en las autoliquidaciones y pagos de los aportes al sistema de la protección social, la Sección Cuarta de la mencionada corporación aclaró que los documentos que no se pueden hacer valer con posterioridad, por no entregarse a la Administración cuando los requirió, son aquellos de naturaleza contable, que estén relacionados con aspectos negativos del tributo, omisión que constituye indicio en contra del administrado y trae como consecuencia el desconocimiento del costo, deducción, descuento y pasivo al que se refiere la prueba. Precisándose que, en todo caso, no hay lugar a su desconocimiento si se acreditan debidamente.

En el caso bajo estudio concluyó que no se desconoció el artículo 781 del E. T., comoquiera que las pruebas que se allegaron en sede judicial para probar los hechos objeto de discusión corresponden al contrato de trabajo en el que se pactó la vinculación bajo la modalidad de salario integral y las cuentas de cobro respecto de valores que no surgen de la relación laboral (C. P.: Stella Jeannette Carvajal Basto).