Mediante el Decreto 2336, el Ministerio de Salud estableció en $ 35.601´763.895 el costo de la supervisión y control realizados por la Superintendencia de Salud a las entidades vigiladas en el 2013. Los costos correspondientes a las entidades sujetas a control de la superintendencia, que, de acuerdo con las leyes 223 de 1995 y 488 de 1998, se encuentren exentas del gravamen serán cubiertos con recursos de la Nación, según lo establecido en la Ley 1593 del 2012.