Mediante el Decreto 1255, el Ministerio de Salud estableció en $ 31.403´964.969 el costo de la supervisión y control realizados por la Superintendencia de Salud a las entidades vigiladas en el 2016. Igualmente, realizó la asignación porcentual para cada clase y subclase de entidad vigilada. La norma determina la asignación porcentual para cada clase y subclase de entidad vigilada, repartida entre generadores de recursos, recaudadores de recursos y prestadores de servicios. Los costos correspondientes a las entidades sujetas a control de la superintendencia que, de acuerdo con las leyes 223 de 1995 y 448 de 1998, se encuentren exentas del gravamen serán cubiertos con recursos de la Nación, según lo establecido en el artículo 2.5.5.2.23 del Decreto 780 de 2016.