El magistrado del Consejo de Estado, Guillermo Vargas Ayala, consideró que a través de la norma se desconoce el principio de autonomía territorial, lo que lo llevó a suspender provisionalmente el Decreto 2691 del 2014. En su criterio, lo allí establecido da lugar a que los entes territoriales queden supeditados por completo a lo que establezca el Ministerio de Minas y Energía respecto a las disposiciones tendientes a la protección de los entornos naturales que puedan verse perjudicadas por el desarrollo de actividades extractivas en las áreas de su jurisdicción. A su entender, el decreto es contrario al mandato impartido por la Corte Constitucional para que el marco institucional de protección del medio ambiente fuese el resultado del consenso entre los entes territoriales y el Gobierno Nacional. Recordó que fue esa la condición que estableció la Corte Constitucional para considerar exequible el artículo 37 del Código de Minas (Ley 685 del 2001), que impide a municipios, distritos y departamentos excluir áreas del desarrollo de este tipo de actividades (C. P. Guillermo Vargas Ayala).