Una de las medidas propuestas consiste en asignar todas las fuentes presupuestales con las que se financia el programa únicamente a las gobernaciones y los municipios certificados, es decir, 95 entidades territoriales certificadas y no a los más de 1.000 municipios del territorio nacional, como ocurre actualmente. Esto facilitaría el monitoreo y control de los recursos y evitaría la duplicidad del servicio. Por otra parte, se propone la creación de un organismo que fije lineamientos de política sobre la operación del PAE a nivel país, articule los recursos entre las entidades de orden nacional y territorial y pueda estandarizar precios de los alimentos con estudios de mercado. El ministerio también ha propuesto el replanteamiento de los criterios de focalización, de tal forma que el programa llegue a tiempo y con calidad a quienes más lo necesitan. En este sentido, los recursos del Gobierno se deben destinar, principalmente, a garantizar la cobertura de los estudiantes que pasan más horas en el colegio con la jornada única o en internados, están en zonas rurales, son víctimas del conflicto, pertenezcan a población étnica y/o a estratos socioeconómicos más bajos.