Según el concepto emitido por el Ministerio Público, el aparte contenido en el artículo 5° de la Ley 909 del 2004 vulnera la regla general de provisión de cargos por el sistema de carrera administrativa, que establece la Constitución. En su criterio, las funciones que desempeñan los jefes de tales dependencias no se pueden apartar del sistema de méritos; entre las razones expuestas para solicitar la inconstitucionalidad, advirtió que este tipo de cargos requiere un conocimiento de derecho disciplinario específico, el cual se garantizaría con el concurso. De otro lado, destacó que el sistema de méritos permitiría que el funcionario, en principio, esté desligado de cualquier atadura respecto de quien lo nombró en el cargo, a efectos de la imparcialidad que debe revestir en sus investigaciones; por último, aseguró que el grado de confianza cualificada, que avala este tipo de nombramientos, no se presenta para el caso de los jefes de control interno, pues la investigación sobre la comisión de una determinada falta disciplinaria no requiere de un alto grado de confianza sino, por el contrario, de un operador objetivo e imparcial que analice con detenimiento los expedientes y casos a su cargo.