El Consejo de Estado determinó que el Gobierno sí goza de facultades constitucionales para establecer un régimen de nomenclatura y clasificación de empleos en entes universitarios autónomos; con estos argumentos, denegó las pretensiones de nulidad elevadas alrededor del artículo 1º del Decreto 2489 del 2006, en lo que afecta específicamente la situación de los empleados de estas instituciones de educación superior. A su juicio, no se viola el aludido principio de la autonomía universitaria, debido a que, según su interpretación, el artículo 60 de la Constitución también restringe esa capacidad de autodeterminación, al precisar que debe estar sujeta a la Ley. Consideró, a su vez, que el hecho de que el Ejecutivo pueda fijar montos salariales, mediante la expedición de la norma, tampoco excede los límites impuestos por el principio de reserva de Ley. Ello porque el artículo 77 de la Ley 30 de 1992 determina que los aspectos salariales y prestacionales en las universidades deben resolverse de acuerdo a la Ley 4ª de 1992, que autoriza al Gobierno a regular estos campos (C. P. Gerardo Arenas).