La Sección Segunda del Consejo de Estado resolvió que el Decreto 3323 del 2005 no respetó los derechos fundamentales a la identidad cultural y educativa que se derivan del principio de diversidad étnica y cultural, como tampoco el mandato de reserva legal en materia de servicio público educativo y de carrera docente.

Para la Sala, la norma trasgredió el principio de identidad étnica y cultural en la medida en que obvió la creación de un verdadero sistema normativo especial que atendiera a las necesidades educativas especiales que tienen las comunidades étnicas, sistema que, además, correspondía establecer al legislador. (Lea: Conminan al Congreso a regular relaciones entre el Estado y etnoeducadores de varias comunidades)

Igualmente se afirmó que se trasgrede el principio de reserva de ley, pues habiéndose reservado un asunto al legislador no es dable que la administración entre a regular los aspectos centrales de la materia en cuestión. En ese sentido, la reserva legal es un mecanismo constitucional que permite proteger el reparto de competencias entre el legislador y la administración pública o, si se quiere, entre la ley y el reglamento.

Por los anteriores motivos, el tribunal resolvió declarar la nulidad de la norma demandada (M. P. William Hernández Gómez).