La Corte Constitucional señaló que el reconocimiento y debida protección de la diversidad étnica y cultural de los pueblos indígenas es una exigencia constitucional, por lo que la regla general es la maximización de la autonomía de las comunidades indígenas como garantía de su supervivencia. La corte advirtió cuáles son los supuestos bajo los cuales puede limitarse esa autonomía, pero aclaró que las medidas de intervención estatal deben estar dentro del marco de actividades que autoriza la Constitución y la ley, ser útiles y necesarias para la protección de los derechos involucrados, considerarse proporcionadas y ser las menos gravosas para la autonomía política. De esta forma, el alto tribunal previno al Ministerio del Interior y de Justicia para que se abstenga de realizar actividades de intervención que limiten gravemente la autonomía indígena, toda vez que en el conflicto que se suscitó en la comunidad indígena Kamënsá Biyá del Putumayo, ante la división interna de esta, tomó partido por uno de los grupos en conflicto y declaró válida una de las elecciones de su autoridad tradicional. Según la corporación, en estos casos se debe realizar una consulta interna a la comunidad en cuanto a los criterios mínimos de elección (M.P. Mauricio González Cuervo).