Las universidades estatales autónomas no solo son sujetos del control fiscal por parte de la Contraloría General de la República por ser parte de la administración nacional, definida por el artículo 2 de la Ley 42 de 1993, sino porque, en forma expresa, el Decreto 267 del 2000 las enumera como uno de los sujetos pasivos de esta función pública. Así lo señaló la Sala de Consulta y Servicio Civil del Consejo de Estado al definir un conflicto de competencias administrativas suscitado entre las contralorías general y departamental por el control fiscal de la Universidad de Córdoba (C. P. Enrique José Arboleda Perdomo).