El Consejo de Estado anunció que el Gobierno Nacional levantó la reserva del concepto emitido por la Sala de Consulta y Servicio Civil en el año 2006 y en el cual se aclaró que las corporaciones autónomas regionales son sujetos pasivos del impuesto de timbre nacional. En su respuesta al Ministerio de Transporte, la corporación explicó que la autonomía que les es reconocida a dichas entidades no implica que sean ajenas e independientes del mismo Estado, pues son sujetas a restricciones determinadas. Aunque una de las corporaciones alegaba que no pagaba el impuesto por ser un ente corporativo de naturaleza especial del orden nacional, la sala explicó que el artículo 532 del Estatuto Tributario señala que las entidades que prestan funciones industriales, comerciales y de gestión económica, están obligadas a pagar tal impuesto, situación en las que se ubican las corporaciones autónomas (M. P. Enrique José Arboleda Perdomo).