Aunque los tribunales castrenses sean los que determinen si es la justicia penal militar o la ordinaria la competente para investigar a uniformados involucrados en homicidios, el Consejo de Estado aclaró que los funcionarios del CTI seguirán facultados para recopilar elementos probatorios en la escena del crimen. Señaló además que este tipo de funcionarios de policía judicial podrán adelantar pesquisas e inspecciones, como lo han hecho hasta ahora, pese a que declaró nulos los artículos 4, 5 y 6 del acto administrativo denominado “apoyo a la justicia penal militar”. Sin embargo, los elementos recopilados serán evaluados únicamente por el juez penal militar, quien determinará si el delito es un acto propio del servicio o no lo es, en cuyo caso se debe remitir la actuación a la jurisdicción ordinaria.