La reforma constitucional que implementaría la jurisdicción especial para la paz (JEP) tuvo que ser conciliada por presentarse diferencias entre los textos aprobados por ambas cámaras. Así, la comisión de conciliación decidió acoger “en gran parte” el texto aprobado por la plenaria del Senado de la República, puesto que recogió las observaciones de diferentes actores a lo largo de los cuatros debates. Solo dos puntos de la reforma fueron acogidos tal y como fueron aprobados por parte de la plenaria de la Cámara de Representantes, esto es respecto al marco de la reparación integral en el sistema de verdad, justicia, reparación y no repetición. Así, dentro de esta disposición se establece que en los casos en que se aplique la amnistía, el indulto o la renuncia a la persecución penal no procederán acciones judiciales contra los beneficiarios de tales medidas, pero deberán contribuir al esclarecimiento de la verdad y garantizar la no repetición. La otra disposición se refiere a la participación en política. Allí se aclara que la imposición de cualquier sanción en la JEP no inhabilitará, ni limitará el ejercicio de ningún derecho, activo o pasivo, de participación política. Por lo demás, la reforma acoge de manera íntegra el texto aprobado por el Senado. La iniciativa integrará un nuevo título transitorio a la Constitución Política, el cual a su vez estará conformado por 27 artículos. Así, se crearía la JEP, con un régimen legal propio y total autonomía, estará conformada por varias salas (Sala de Reconocimiento de Verdad, Sala de Definición de Situaciones Jurídicas, Sala de Amnistía e Indulto), el órgano judicial de cierre será el Tribunal para la Paz. La JEP conocerá de manera preferente sobre todas las demás jurisdicciones y de forma exclusiva de las conductas cometidas con anterioridad al 1° de diciembre del 2016, por causa, con ocasión o en relación directa o indirecta con el conflicto armado, por quienes participaron en el mismo, bien sean combatientes o terceros. El informe de conciliación será sometido a estudio y aprobación de las plenarias del Congreso y de ser aprobado será enviado a promulgación.